A edição de 99 da Copa Brasil reúne 64 clubes e será disputada pelo sistema de eliminatória simples, com jogos de ida e volta, da primeira à última etapa. As equipes foram emparceiradas de acordo com critério estabelecido pela CBF.
Na primeira rodada, equivalente à fase de 32 avos, a equipe que vencer fora de casa por uma diferença de dois gols classifica-se diretamente para a etapa seguinte, sem necessidade do segundo jogo, em casa.
A partir da segunda rodada até a decisiva, serão sempre realizados os dois jogos, independentemente do resultado da primeira partida.
Se houver empate no número de pontos ganhos, o primeiro critério de desempate é o saldo de gols, sendo que gol marcado fora de casa vale em dobro. Persistindo a igualdade, a decisão da vaga acontece na disputa de pênaltis, logo após o encerramento da segunda partida.